Özel Tohum Vakfı Özel Eğitim Uygulama Okulu’nun erken çocukluk eğitimi 24 aydan küçük çocuklara yönelik olup, güçlü bir aile-eğitimci işbirliği üzerine kurulmuştur. Bu programa devam eden çocuklar okulda, haftada en az 30 seans eğitim alırlar.
Erken çocukluk eğitimi; öğrenmeye hazırlık becerileri; iletişim ve oyun becerileri; beslenme, uyku, tuvalet gibi günlük yaşam becerileri ile, kurum ve aileler tarafından ortaklaşa belirlenen diğer alanları kapsar.
İki yaştan önce uzmanların kesin bir tanı koymalarının zor olması nedeniyle, erken çocukluk eğitimi programından, otizm ya da başka türlü bir yaygın gelişimsel bozukluk (YGB) tanısı almış çocukların yanı sıra, henüz kesin tanı almamış olmakla birlikte uzmanlar tarafından otistik özellik gösterdiği belirlenmiş çocuklar da yararlanabilirler.

Özel Tohum Vakfı Özel Eğitim Uygulama Okulu, okul öncesi ve okul programlarına, yaşları 3-12 arasında olan otizmli çocuklar kabul edilir. Tüm çocuklar kurumdan saat 9:00–15:00 arasında haftada en az 30 saat eğitim alırlar.
Okul öncesi ve okul programları, akademik öncesi ve akademik beceriler ile iletişim ve sosyal etkileşim becerilerini kapsar. Yoğun bire-bir seanslar çocukların sınıf arkadaşlarıyla iletişime girmeleri ve sosyal katılımlarını arttırmaları için küçük grup etkinlikleriyle zaman zaman yer değiştirir.

Otizmli çocuklara, sürekli ve sistematik müdahale gerektiğinden, eğitim etkinlikleri ailelerin ve kardeşlerin programa katılımını gerektirir. Ev programı, ailelerin kendi çocukları için ev eğitimcisi olmaları yönünde gerekli becerileri kazanmalarını sağlar. Aileler belirli aralıklarla düzenli olarak kurumu ziyaret ederler; eğitimciler ise evde yürütülecek çalışmalarda aileleri yönlendirmek üzere belirli aralıklarla ev ziyaretleri yaparlar. Ailelere yönelik çalışmalar, çocukların kurumda öğrendikleri yeni becerileri önce evlerine, daha sonra ise diğer sosyal ortamlara genellemelerine yardımcı olur.

Destek eğitim programı, tam ya da yarı zamanlı bir okul programından yararlanan ancak özel eğitime de gereksinimi olan veya haftanın belirli bir gün ve saatinde bireysel olarak seanslı eğitim almak isteyen otizmli çocuklara sunulan hizmetlerdir. Haftada 2 , 3 gün kurumda yürütülen sistematik paket programlardan oluşur. Çocuklar, kuruma geldikleri her gün 2 seans üst üste akademik, iletişim, sosyal etkileşim ve diğer alanlarda bireysel özel eğitim hizmeti alırlar. Aileler, haftada bir kurumu ziyaret ederler; bu ziyaretler sırasında çocuklarıyla yürütülen çalışmaları gözleyip uygulamalara katılırlar.